Pada awalnya tahun 1994, sebelum dikukuhkan oleh SK Rektor, Satuan Audit Internal UGM hanya berbentuk sebuah Tim Audit Internal dan hanya memiliki beberapa orang auditor. Dalam Strukturnya tersebut, Tim Audit berada di bawah Pembantu Rektor II, yang pada saat itu tugasnya adalah melakukan verifikasi pengadaan aset dan keuangan.
Sejak terbitnya PP nomor 153 pada tahun 2000 tentang penetapan UGM sebagai Badan Hukum Milik Negara (BHMN), maka tata kelola pengendalian internal di UGM mengalami beberapa perubahan signifikan. Perubahan tersebut adalah dikukuhkannya lembaga pengendalian internal yaitu Satuan Audit Internal (SAI) yang mulai dapat melakukan rekrutmen auditor.
Penjelasan yang sama tentang SAI juga dapat ditemukan pada ART UGM pada pasal 1 Tentang Ketentuan umum yaitu: Satuan Audit Internal adalah perangkat Rektor yang bertugas melakukan pengawasan internal yang kemudian dipertegas lagi pada SK Rektor No. 209/P/SK/HT/2004 tentang Satuan Audit Internal.
Seiring dengan dinamika, SAI kembali melakukan revolusi dengan berubah menjadi Kantor Audit Internal (KAI) dengan mengedepankan Aspek/Bidang konsultasi pada struktur organisasi (Peraturan Rektor no 924/P/SK/HT/2014), hal ini juga dinilai sebagai langkah strategis KAI mengawal perubahan UGM menjadi Universitas dengan bentuk Badan Layanan Umum (BLU) pada tahun 2013 dan saat ini sebagai PTN-BH (badan Hukum).
dalam perubahan terakhir inilah KAI dituntut bukan hanya sebagai salah satu unit pengawasan tapi juga menjadi unit strategis yang menjadikan KAI sekarang menjadi “Your Strategic Partner.”